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Maarten studiert die Transkriptionsfaktorproteine der Polycomb-Gruppe. Proteine der Polycomb-Gruppe regulieren die Hox-Gene, welche zum richtigen Zeitpunkt und am richtigen Ort an- oder abgeschaltet werden müssen, um sowohl beim Mensch, als auch bei anderen Organismen die störungsfreie Entwicklung zu sichern. Maartens Forschungsgruppe hat gezeigt, dass Proteine der Polycomb-Gruppe bei dem speziellen Zelltyp der Stammzellen eine bedeutende Rolle spielen, der für die Zellregenerierung in allen unseren Organen benötigt wird. Die fehlerhafte Regulierung von Proteinen der Polycomb-Gruppe kann zu Entwicklungsabnormalitäten oder anormaler Stammzellvermehrung führen. Des Weiteren versucht er, Tumorsuppressoren genannte Proteine zu identifizieren.