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Die Genomsequenz bestimmt, welche Proteine Organismen herstellen können, während der epigenetische Code meist reguliert, wo und wann Proteine produziert werden. Der epigenetische Code umfasst chemische Veränderungen von DNA und Histonproteinen, die sich an die DNA binden. Francis hat einen Proteinkomplex entdeckt, der einen bestimmten Teil des Histons H3 methylieren kann. Zusätzlich zu seiner Arbeit zur epigenetischen Regulation entwickelt Francis fortschrittliche Technologien für die Gentechnik, zur Einsetzung, Veränderung und Entfernung von Genen aus Zellen – was dafür Anwendung findet, die Rolle epigenetischer Regulationen für die Säugetierentwicklung, Stammzellen, Alterungsprozesse und Krankheiten zu untersuchen.