Il a fallut attendre la fin du XXème siècle, pour découvrir les souris qui ont aidé les scientifiques à mettre en évidence les connexions complexes qui lient l’alimentation à l’épigénétique. Parmi les nombreux gènes qui contribuent à la couleur du pelage chez la souris, l’un d’entre eux se nomme Agouti. Il existe plusieurs versions de ce gène Agouti, qui conduisent à des couleurs de pelage différentes, en modifiant le niveau et le type de pigment de la fourrure. La version la plus intéressante du gène Agouti- au moins du point de vue d’un épigénéticien - est connu sous le nom de « agouti viable yellow » ou Avy.

Si le gène Avy présente peu ou pas de méthylation, il est alors actif dans toutes les cellules, et les souris sont jaunes. Ces souris jaunes présentent une susceptibilité à l’apparition de problèmes de santé, comme l’obésité, le diabète ou le cancer. Mais si Avy est hyperméthylé, son expression s’éteint dans tout le corps. Ceci implique que la souris présente une couleur brune, et n’a aucun problème de santé, même si elle possède exactement le même gène agouti que les souris jaunes.

Entre ces deux extrêmes, Avy peut être méthylé à différents degrés, ce qui affecte le niveau d’activité du gène. Il en résulte un beau dégradé de souris tachetées, chez lesquelles l'activité de Avy diffère même d’une cellule à une autre. Une même portée génétiquement identique varie en couleur selon ce spectre, en raison de variations épigénétiques établies dans l'utérus. De plus, indépendamment de la couleur du pelage, cela met en évidence les effets du régime alimentaire sur la méthylation.