I geni silenti non sono tuttavia una questione semplice. Le manopole del volume del nostro DNA possono essere regolate in tantissimi modi. Avvengono molte comunicazioni fra i tre principali agenti che concorrono al silenziamento: metilazione del DNA, nucleosomi e RNA (vedere Il parere di Neil). Queste caratteristiche epigenetiche facilitano il dialogo fra l'ambiente e la nostra codifica genetica. Non è ancora chiaro fino a che punto le caratteristiche epigenetiche siano ereditabili, mentre sappiamo sempre di più su come si instaurano. Prendendo come esempio la metilazione del DNA, le caratteristiche che ne derivano possono dipendere anche da come si è alimentata la madre in gravidanza. Da esperimenti condotti su ratti agouti è emerso che la somministrazione di supplementi metilici alle madri gravide può influire sulle regolazioni dell’espressione dei geni nei discendenti.

La dimostrazione che i nutrienti possono influire sul DNA è relativamente recente. Nonostante ancora non ci sia dato di sapere in che misura l'ambiente sia in grado di agire sul silenziamento dei geni, vi sono sempre più prove del fatto che, sovvertendo la metilazione del DNA durante lo sviluppo, si verificano problemi di salute che spaziano dal cancro alla schizofrenia. Senza dubbio, l'implicazione maggiore di tali caratteristiche epigenetiche ereditabili è la possibile influenza della dieta sui geni di figli e nipoti.