Perché piante e animali hanno adottato l'abitudine di silenziare i geni? La verità è che nessuno lo sa con certezza, nonostante siano state formulate varie ipotesi. L'ereditarietà dei geni silenti, definita imprinting genomico, potrebbe essere correlata ai sistemi riproduttivi. Nei mammiferi, l'imprinting è limitato alle specie che ospitano nell'utero il piccolo in fase di sviluppo. Nei mammiferi che depongono uova, come l'ornitorinco dal caratteristico becco d'anatra, l'imprinting dei geni correlati alla crescita non avviene nello stesso modo. Negli esseri umani, per nove mesi la madre fornisce al bambino i nutrienti essenziali per lo sviluppo dal suo flusso sanguigno attraverso la placenta. Invece di deporre un uovo o lasciare che il piccolo badi a se stesso utilizzando il contenuto del sacco vitellino, la madre risponde pazientemente alle richieste alimentari del feto mentre questo si trova nell'utero.

I semi si sviluppano in modo analogo nel corpo dei propri genitori, ma vengono nutriti tramite endosperma, anziché tramite la placenta. Il normale imprinting sia nella placenta che nell'endosperma è di importanza cruciale per un sano sviluppo embrionale. In entrambe le specie questi organi costituiscono l'interfaccia per il dialogo materno-fetale e sono pertanto molto importanti per la regolazione della crescita embrionale. Wolf Reik (Babraham Institute, Cambridge, Regno Unito) ha studiato il comportamento del gene Igf2 nei ratti, osservando che l'imprinting dell'Igf2 è critico per la normale crescita placentare. Disattivando il gene nella placenta la crescita fetale viene limitata.

Alcuni scienziati ritengono che l'imprinting si sia evoluto nelle specie placentate per contrastare le esigenze di piccoli eccessivamente avidi, che altrimenti si impadronirebbero di troppe risorse. Questa scuola di pensiero si basa sulla teoria del conflitto parentale, avanzata da David Haig (Harvard, USA). La madre deve poter conservare energie per sé e gli altri figli, pertanto i suoi geni si sono evoluti in modo da contenere la crescita fetale. Perché allora i geni paterni vogliono che i figli siano più grandi? Ebbene, perché in generale i più grandi hanno maggiori possibilità di sopravvivere. Ovviamente i geni non sono dotati di una volontà propria, semplicemente quelli che favoriscono la sopravvivenza vengono in genere trasmessi più frequentemente degli altri.

Oltre al caso particolare dell'imprinting, il silenziamento dei geni per effetto della metilazione del DNA rappresenta l'evoluzione di un sistema immunitario primitivo. Circa metà del nostro genoma è silente ed è costituito da ripetizioni senza senso che non contengono istruzioni per fabbricare proteine. Alcune di esse possono saltare da una parte all'altra del genoma, un comportamento che può avere conseguenze disastrose per la funzione dei geni vicini. Ma come hanno fatto ad arrivare dove sono? Non esiste una risposta definitiva, ma alcuni hanno l'aspetto di virus e come tali si comportano, clandestini all’interno del genoma. Le cellule sembrano marcare con dei gruppi metile le sequenze ripetute per inibirle, in modo da proteggere i geni. Denise Barlow (Università di Vienna, Austria) ha ipotizzato che i geni soggetti a imprinting potrebbero essersi originati casualmente, per effetto della diffusione della metilazione del DNA in altre aree del genoma. La ricercatrice sostiene che per poter prendere piede, questa casualità deve avere presentato un vantaggio evolutivo, sebbene la questione sia ancora aperta al dibattito.

Il silenziamento del DNA ha consentito a noi e alle nostre cellule di sviluppare schemi comportamentali diversi per tutta la nostra vita e durante l'evoluzione. Proviamo per un attimo a immaginare cosa succederebbe se l'insubordinata schiera costituita dai 30.000 geni umani non fosse in gran parte disattivata: non dobbiamo necessariamente utilizzare in ogni cellula tutti quanti i 2 m di DNA di cui disponiamo e inoltre non è opportuno che le cellule del bulbo oculare vadano a costituire le unghie. Ligri e tigoni sono la dimostrazione che, pur con lo stesso DNA, si possono ottenere effetti molto diversi, a seconda di come il DNA sia condensato da ciascuno dei genitori. Le sequenze di DNA non sono responsabili di tutto. L'averle descritte non è che il primo passo. Esse sono semplicemente il calco nel quale risiede il potenziale della vita, ma la vita è tutto ciò che avviene al di là del DNA.